São muitas as diferenças, pois trata-se de dois substantivos com muitas e variadas acepções. Veja, por exemplo, o que diz o Dicionário Houaiss:
Canal: «1 sulco ou vala corrida, natural ou artificial, por onde corre água 2 leito para curso de água especialmente construído para estabelecer comunicação entre rios, lagos, mares etc., e utilizado para navegação, irrigação etc. 3 estreita extensão de mar que, penetrando na terra, liga dois mares ou dois pontos do mesmo mar; estreito 4 conduto que serve para transportar líquidos ou gases 5 conduto de água longo e estreito que serve como ornamento de um parque, um jardim etc. 6 leito de rio 7 (em sentido figurado) caminho, via (mais usado no plural). Ex.: esse processo precisa de encontrar o seu canal competente 8 (em acústica, indústria fonográfica, televisão) cada uma das vias de entrada, memória ou saída de som ou de imagem, em equipamentos de captação, edição ou reprodução sonora ou televisiva. Ex.: canal de áudio, canal de vídeo 9 (em anatomia geral) denominação substituída por “ducto” 10 (em arquitetura) na arquitetura clássica, cada uma das zonas côncavas dos tríglifos ou das colunas 11 (em comunicação) meio físico no qual, durante processo de comunicação, a mensagem se propaga sob a forma de sinais de um código [Abrange recursos sensoriais, como a fala e a audição, o próprio corpo e a visão (na linguagem gestual); suportes naturais, como o ar, a água; suportes manufaturados, fenómenos físicos ou processos técnicos, e dispositivos técnicos.] 12 (em construção) telha de meia-cana com a concavidade virada para cima 13 (em encadernação) concavidade formada pelo corte da frente de um livro e que corresponde à parte arredondada do lombo; canelura, goteira 14 (em artes gráficas) espaço que separa verticalmente colunas de texto quando não são divididas por fio 15 (em artes gráficas) aparecimento de espaços que se ligam em várias linhas seguidas por defeito da composição, formando uma espécie de raia branca; rua 16 (em artes gráficas) sulco no pé do tipo de fundição, aberto à plaina; goteira 17 (em radiofonia, televisão, telecomunicações) faixa de frequência ocupada por uma emissão de rádio ou televisão 17.1 (por extensão de sentido, em televisão) o mesmo que emissora.»
Caneiro: «1 pequeno canal que conduz água de qualquer proveniência 2 estacada ou caniçada que, num rio, forma uma espécie de corredor e se destina à pescaria 3 parte do leito de um rio que, por ser mais funda, permite a passagem de embarcações 4 pequeno trecho de mar entre rochedos 5 (termo militar antigo) em fortificações, trincheiras etc., espécie de corredor estreito ao abrigo de tiros 6 caminho coberto que circunda uma construção sem fosso 7 barreira que ergue um limite a esse caminho pelo lado exterior.»
