A frase não tem uma oração subordinante, tem duas. Ora vejamos:

I. Orações coordenadas

1. «Kino abriu os olhos»

2. «e, quando olhou para o rectângulo luminoso que era porta, voltou-os para o caixote suspenso onde Coyotito dormia»

II. Orações subordinantes

3. «voltou-os para o caixote suspenso»

4. «quando olhou para o rectângulo luminoso»

III. Orações subordinadas dependentes da oração 3

5. «quando olhou para o rectângulo luminoso que era a porta» (subordinada adverbial temporal, equivalente a um modificador ou adjunto adverbial)

6. «onde Coyotito dormia» (subordinada adjectiva relativa restritiva, equivalente a um modificador nominal ou adjunto adnominal).

IV. Oração subordinada dependente da oração 4

7. «que era a porta» (subordinada adjecttiva relativa restritiva)

Em conclusão, há mesmo duas orações subordinantes, ou seja, a oração 3 tem as orações 5 e 6 por constituintes, havendo o mesmo tipo de relação entre a oração 4 e a 7.