Embora seja comum afirmar-se – como faz a Wikipédia – que o nome pimenta-caiena deriva da cidade de Caiena (em francês, Cayenne), capital da Guiana Francesa, essa explicação não é etimologicamente segura.

Segundo fontes como o Etymonline, o Dicionário Onomástico Etimológico da Língua Portuguesa de José Pedro Machado, o Dicionário Houaiss e o Oxford Reference, o termo caiena tem origem provável na língua tupi, na palavra kyynha, que significa «pimenta» ou «pimentão». Essa raiz indígena pode ter influenciado tanto o nome da especiaria quanto o nome da cidade – mas sem que haja uma relação direta comprovada entre os dois.

Portanto, temos duas hipóteses:

1. Hipótese comercial/geográfica: A pimenta era exportada através do porto de Caiena, o que levou à associação do nome com a cidade.

2. Hipótese etimológica, em língua ameríndia : o nome caiena vem do tupi kyynha, e essa palavra pode ter influenciado o nome da cidade e da pimenta, mas não é certo que o nome da pimenta venha do nome da cidade.