O sufixo nominal -ção, do latim -tione (Novo Dicionário Aurélio), significa «acção ou o resultado dela» (Cunha e Cintra, Nova Gramática do Português Contemporâneo, p. 99).
Deste modo, por exemplo, percepção (do latim perceptĭo, ōnis, «compreensão, faculdade de perceber») é o «acto ou efeito de perceber», concepção (do latim conceptĭo, ōnis, «acção de conter, de abranger; concepção, ideia, noção») é o «acto ou efeito de conceber», e recepção (do latim receptìo,ónis, «acção de receber») é o «acto ou efeito de receber».
(Fonte: Dicionário Eletrônico Houaiss, 2009)
Posto isto, penso que se percebe agora por que razão a eventual palavra incepção não poderia ser formada através dos meios sugeridos pelo consulente, pois nem -cepção é um elemento de composição de palavras portuguesas, nem os substantivos aqui em análise são formados por prefixação (mas sim por sufixação, como vimos), sendo que o in- sugerido pelo consulente seria realmente, na proposta por ele apresentada, compatível com um prefixo de negação (ex. in + feliz).
Resta-me confirmar que a palavra incepção não se encontra registada em nenhum dos instrumentos linguísticos de língua portuguesa consultados.
No entanto, a pergunta do nosso consulente tem toda a razão de ser, porque este é um vocábulo existente, por exemplo, na língua inglesa, tendo até servido de título ao notável e mais recente filme do realizador inglês Christopher Nolan. De facto, no Oxford English Dictionary, o termo inception é definido da seguinte forma: «[ad. L. inceptiōn-em, n. of action from incipĕre to begin.] (...) The action of entering upon some undertaking, process, or stage of existence; origination, beginning, commencement.»1 Assim, concluímos que o citado nome deriva do verbo latino incipĕre («começar», «iniciar», «empreender»). Saliente-se, aliás, que, na língua portuguesa, temos registada a palavra incipiente, significando justamente «que inicia, que está no começo; inicial, iniciante, principiante» (Dicionário Eletrônico Houaiss, 2009). E não será também por acaso que a tradução para português do título do referido filme é A Origem. Sendo assim, se a palavra "incepção" existisse no universo da língua portuguesa, poderia eventualmente, na linha do já exposto, ser entendida do seguinte modo: «acto ou efeito de (se) iniciar.»
1 Tradução livre: «[Do latim inceptio, onis, nome derivado de incipere: começar]. Acção de entrar em algum projecto, processo ou estádio de existência; origem, princípio, começo.»