As suas observações são pertinentes, mas é necessário ter em conta que na língua portuguesa — como nas outras línguas — há muitas expressões que se fixam no uso. Nos casos que aponta, deve considerar-se que:

1. Com o verbo estar, tanto pode dizer «em dificuldade» (ou «em dificuldades») como «com dificuldades» (neste caso, equivalente a «tem dificuldades»). A expressão «em dificuldade(s)» segue o exemplo de outras: «em abundância», «em condições», «em forma».

2. A sequência «salários em atraso» é hoje uma expressão fixa, que só permite a substituição de salários por palavras suas sinónimas ou afins, relacionadas com questões financeiras ou salariais (p. ex., «vencimento», «mensalidades», «pagamento»). É por isso que não se diz «comboios em atraso».