Cada língua possui os seus fonemas próprios e utiliza os sinais gráficos ou letras de acordo com esses fonemas.
Além disso, as letras podem ter diferentes valores.
Embora a língua inglesa e a língua portuguesa usem os mesmos símbolos gráficos, alguns deles têm valores diferentes.
Esses jornais e essas revistas usam formas gráficas que procuram representar os sons árabes de acordo com as letras usadas na ortografia da língua inglesa.
Al-Qaeda poderá muito simplesmente ser escrita Alcaida na língua portuguesa.
O artigo definido al pode ser adicionado ao segundo elemento porque muitas palavras portuguesas incluem o artigo definido árabe, como, por exemplo, Almada, Alfama, etc.
Nós só usamos a letra q no dígrafo qu. Como o grupo qu implicaria leituras inadequadas, é preferível muito simplesmente a letra c que tem também o valor de velar surda neste contexto.
Os árabes possuem dois fonemas velares muito próximos para os quais usam símbolos diferentes, mas, como essa diferença é irrelevante na Língua Portuguesa, podemos usar a letra c visto que é a que mais se aproxima do som árabe.
Na língua inglesa, a letra e tem o valor de /i/. Por isso, na ortografia portuguesa devemos usar i.
A palavra Al-Qaeda leva-nos a colocarmos o acento na penúltima sílaba de acordo com as nossas regras e assim afastamo-nos ainda mais da sonoridade árabe. Esta grafia tem servido aos falantes da língua inglesa, mas não serve para nós.
Em conclusão, Alcaida é para nós a grafia mais próxima da língua árabe e não introduz dificuldades de leitura.
É o que Ciberdúvidas já propôs em anterior resposta sobre este mesmo tema – Cf. Como pronunciar (e escrever) Al-Qaeda? –, assim como na Abertura da semana passada.