No exemplo que nos apresenta o consulente, não encontramos partícula atrativa de próclise. Assim, das duas opções acima, a ordem mais correta é a da primeira frase: «O entendimento do tribunal posteriormente, quando teve sua composição alterada, modificou-se», apesar de, se nos permite a sugestão, a frase se tornar mais clara com a seguinte estrutura: «O entendimento do tribunal modificou-se posteriormente, quando teve a sua composição alterada.»

Dada a formulação da pergunta, e sem termos nenhum exemplo em que se verifique atração do pronome átono, é-nos difícil desenvolver mais a nossa resposta. Podendo apenas acrescentar que, no Brasil, como nos descreve Bechara (2002), na sua Moderna Gramática da Língua Portuguesa, p. 591: «na linguagem coloquial, o pronome átono pode assumir posição inicial de período.» Por outro lado, em português europeu, a posição mais natural e frequente é a ênclise, salvo perante elementos como: operações de negação, sintagmas interrogativos, complementadores, advérbios de focalização (só, apenas, também, sempre, talvez, já, ainda), quantificadores, numerais, partitivos e algumas conjunções. Nenhum destes elementos ocorre nas frases colocadas à nossa consideração.

Respondendo genericamente, quando entre um elemento proclisador e o pronome átono ocorre uma oração subordinada, coordenada, etc., ou aposto, a próclise é igualmente exigida. Por exemplo:

a) «Apenas, e pela última vez, te digo isto.»

b) «Só a Maria, a mais bela moça do bairro, me seduz incontrolavelmente.»

Sobre isto, indicamos algumas respostas em linha no Ciberdúvidas que poderá consultar.

Sempre ao dispor.