Há três possibilidades:
a) «O João nasceu no mesmo ano que o Miguel.»1
b) «O João nasceu no mesmo ano do Miguel.»2
c) «O João nasceu no mesmo ano em que o Miguel nasceu.» (Neste caso, devemos repetir a forma verbal.)
Por conseguinte, a estrutura com «em que» só com a presença do verbo na oração subordinada é legítima.
1 Augusto Epiphanio da Silva Dias, na Syntaxe Historica Portuguesa (Lisboa, Livraria Clássica Editora, 1933, pág. 168), observa (ortografia conforme o original):
«Quando a um substantivo acompanhado do pron. mesmo e precedido de prepos. se liga uma or. relativa de que, que tem o mesmo sujeito, ou mesmo predicado, costuma omittir-se a prepos. antes do relativo: a memoria das quaes... parece... na mesma hora que sam lidas ([Damião de ] Goes [...]).»
2 A expressão «no mesmo ano do Miguel» comporta-se como uma estrutura de posse, tal como em «no curso do Miguel».
