O verbo implicar pode ser:
1 – transitivo directo e preposicionado com a preposição em, significando «enredar», «envolver»: «Implicaram-no no crime.»
2 – transitivo directo, com sentido de «pressupor»: «O projecto implica muito trabalho.»
3 – transitivo preposicionado, com a preposição com, no sentido de «não se coadunar», «não se harmonizar»: «Estás sempre a implicar com o rapaz.» «O quadro implica com o resto da decoração.»
Celso Luft, no Dicionário Prático de Regência Verbal, aponta um outro tipo de situação que considera inovadora e que tem que ver com a possibilidade de o verbo reger a preposição em, em alternativa à situação 2, mas com um sentido um pouco diferente, valorizando o resultado final e aproximando-se de verbos como resultar, redundar:
«O projecto implica em muito trabalho.»
Assim sendo, poderemos considerar correctas as duas frases, ainda que com sentidos um pouco distintos. Em «A investigação implica a apresentação de evidências», a apresentação das evidências é um pressuposto; em «A investigação implica na apresentação de evidências», é encarada como um resultado.
Saliento ainda o facto de «implicar em» ser uma construção inovadora, o que deve ser tido em conta quando se utiliza, pois se se pretender um texto formal, talvez seja preferível evitar o seu uso.