Encontrei, parta o verbo alinhar as seguintes regências: Alinhar com: partilhar as mesmas ideias – «A Maria alinha sempre com a Manuela.» Alinhar-se com: «O rapaz quis alinhar-se com a melhor aluna», in Vocabulário: Regime Preposicional de Verbos, de Cármen Nunes e Leonor Sardinha. Alinhar(-se) a: «Quis alinhar-se ao mestre.» Alinhar por: «Alinhar os últimos pelos primeiros», Luft, Dicionário Prático de Regência Verbal. Parece-me, pois, que ambas as hipóteses são possíveis. Porém, creio tratar-se de vocabulário especializado, e esse tipo de vocabulário não convive bem com hipóteses alternativas. No entanto, é o próprio grupo especializado que desenvolve mecanismos de selecção, pelo que não lhe posso garantir que, no contexto específico subjacente às frases que refere, não haja tendência para preferir uma das situações, por muito idênticas que elas possam ser numa linguagem geral.