Segundo os dicionários consultados (Porto Editora e dicionário da Academia das Ciências, ed. Verbo), em português europeu, existe, de fa{#c|}to, diferença na realização fonética destas duas palavras: no caso de interceptar, temos um e aberto, e a consoante p não é pronunciada; no caso de intersectar, mantém-se o e aberto mas a consoante c é pronunciada.
Apesar das diferenças ilustradas nos dicionários, é possível constatar que cada vez mais falantes que pronunciam estas duas palavras da mesma forma, omitindo, em ambos os casos, as consoantes referidas.