O apelido Nunes tem origem no patronímico de Nuno, de origem obscura, segundo José Pedro Machado, Dicionário Onomástico Etimológico da Língua Portuguesa.

Sobre Santos, diz Machado (op. cit.):

«[apelido] de origem religiosa, pois foi abrev[iatura] de Todos-os-Santos. Dava-se primitivamente às crianças nascidas no dia 1-XI [...]. Creio, no entanto, que na grande maioria dos casos a vulgarização deste apel[ido]se ficou a dever aos que, ao entrarem pelo baptismo na religião cristã, tinham como padrinhos religiosos em cujo nome eclesiástico havia dos Santos. [...]»