Cifrão vem de cifra, recebido do árabe através do latim, onde já significava «zero», um dos sentidos que cifra ainda possui. O cifrão, que se usava no sistema monetário português para indicar escudos, é usado também pelos Americanos para exprimir dólares e pesos. Entre nós usava-se antigamente como indicador dos mil réis. Cf. Cifrão + Cifra dif. de cifração

N.E. - Posteriormente a esta resposta, recebemos do consulente Pedro Múrias a indicação dos seguintes endereços na Internet para complementaridade da informação sobre a origem do símbolo: Wikepedia + Cifrão.