Sobre Anaguéis, José Pedro Machado (Dicionário Etimológico-Onomástico da Língua Portuguesa) não define uma origem precisa, porque esta forma do topónimo parece ter uma variante, "Amagueis": «A variação faz hesitar: será realmente o plural do substantivo masculino anaguel, "tabuleiro em que se deitam as miudezas dos porcos que se matam?"»

Quanto a Almalaguês, Machado, na referida obra, considera que deriva de "Almalague", forma com origem no antropónimo árabe Almalaki. Este nome estaria relacionado com al-mallāk, «proprietário».