Os dicionários não registam subárea. Todavia, subárea regista 14 ocorrências no corpus de textos científicos em português, do Corpus do Português Michael J, Ferreira e Mark Davies. No corpus ANCIB, a palavra surge 7 vezes.
Por sua vez, o Dicionário Houaiss regista subáqueo e subárido, palavras com a mesma acentuação e estrutura silábica de subárea.
Em face destas observações, julga-se lícito o emprego de subárea (sem hífen).