O Acordo Ortográfico de 1990 (BASE XV: DO HÍFEN EM COMPOSTOS, LOCUÇÕES E ENCADEAMENTOS VOCABULARES) estabelece o seguinte:

«Emprega-se o hífen nas palavras compostas que designam espécies botânicas e zoológicas, estejam ou não ligadas por preposição ou qualquer outro elemento: abóbora-menina, couve-flor, erva-doce, feijão-verde; bênção-de-deus, erva-do-chá, ervilha-de-cheiro, fava-de-santo-inácio, bem-me-quer (nome de planta que também se dá à margarida e ao malmequer); andorinha-grande, cobra-capelo, formiga-branca; andorinha-do-mar, cobra-d´água, lesma-de-conchinha; bem-te-vi (nome de um pássaro).»

Considerando que bênção-de-deus e fava-de-santo-inácio aparecem com letras minúsculas, julgo que tubarão-de-são-tomé se enquadra no mesmo caso, com uma ressalva:

«Obs.: As disposições sobre os usos das minúsculas e maiúsculas não obstam a que obras especializadas observem regras próprias, provindas de códigos ou normalizações específicas (terminologias antropológica, geológica, bibliológica, botânica, zoológica, etc.), promanadas de entidades científicas ou normalizadoras, reconhecidas internacionalmente» (idem, BASE XIX: DAS MINÚSCULAS E MAIÚSCULAS).