A forma correcta é indígeno-comunitária.

O porquê desta forma relaciona-se com a composição, que é o processo de formação de palavras que consiste na concatenação de dois radicais ou palavras.

A palavra indígeno-comunitária é um composto morfológico que tem uma estrutura de coordenação, em que as duas formas coordenadas são dois adjectivos: indígena e comunitária.

Os compostos morfológicos deste tipo têm uma vogal de ligação -o-, que é um dos elementos mais característicos destas construções. O contraste entre as formas que exibem o mesmo radical à esquerda e à direita da vogal de ligação mostram que esta vogal é um constituinte autónomo e que ocupa uma posição própria na estrutura dos compostos:

(a) indígeno-comunitária
(b) comunitário-indígena

Tendo por função delimitar os radicais, a vogal temática é preservada dos efeitos do vocalismo átono; note-se também que os radicais concatenados mantêm o acento. Além disso, a vogal de ligação é um vestígio de um marcador de caso na estrutura dos compostos do latim e do grego antigo; desta forma, em português há duas vogais de ligação diferentes: -o- e -i-. A vogal -i- ocorre sempre que o radical da direita é um radical neoclássico de origem latina (ex.: ministr-i-cidade, agr-i-cultor, etc.). Quando o radical da direita começa por vogal, qualquer que seja a sua origem, a vogal temática não se emprega (ex.: ped-agogia, nevr-algia, etc.). Nos restantes casos, a vogal de ligação é o -o- (ex.: analític-o-sistemático, lus-o-brasileiro, indígen-o-comunitário, etc.).

A forma como este tipo de compostos realiza contrastes de género e de flexão em número é a seguinte:

(i) Visão indígeno-comunitária
(ii) Visões indígeno-comunitárias
(iii) Olhar indígeno-comunitário
(iv) Olhares indígeno-comunitários   

Como vimos, a única forma que flexiona é a segunda, consoante o nome a que a expressão se relaciona. Fonte: Mateus, M. et al. 2003. Gramática da Língua Portuguesa. Lisboa: Caminho