Sobre a origem do topónimo, nada se sabe ao certo. Só no Dicionário Onomástico Etimológico da língua Portuguesa, de José Pedro Machado, se encontra uma entrada com o seguinte comentário:

«Pantanha, top[ónimo] Nelas. Está relacionado com o s[ubstantivo] f[eminino] pantana, «atascadeiro, lamaçal»? Pantanhas, Paredes de Coura.»