Pactuar significa «fazer um pacto; mostrar-se transigente (em relação a)», de acordo com o Dicionário da Porto Editora. Compactuar quer dizer «pactuar juntamente com outrem».

Como vê, a diferença é tão subtil, que o Dicionário Eletrônico Houaiss considera estes dois verbos sinónimos, na definição que nos dá de pactuar: «consentir, ceder ou transigir em qualquer coisa, agir em conivência; compactuar.»