Estas palavras são sinonimas. Diferem no entanto um pouquinho. Zoólogo tem o sufixo -logo, que se relaciona com "palavra, razão, estudo" e que é portanto mais rico que o sufixo -ista, que é francamente banal. Zoólogo relaciona-se com geólogo, biólogo, e outras palavras usadas para designar profissionais do domínio científico.