"Nomear segundo/após" não são boas traduções de to name after. Por um lado, porque segundo se usa em contextos em que se refere o que alguém diz ou define: «segundo a vítima, o assaltante teve cúmplices». Depois, porque após ocorre em expressões de tempo: «após o jantar, foram ao cinema». Não tem, portanto, sentido traduzir after por estas preposições.

O melhor é usar outra construção, como «dar a alguém/alguma coisa o (mesmo) nome de». Assim, recomendo, em alternativa, à frase sugerida na pergunta, o seguinte: «à cidade foi dado o nome das tribos que habitavam o lugar».