Depende:
É substui-los, quando for: `tu substituis os´.
Mas é substituí-los, quando for `eu posso substituir + os´.
Nos dois casos, o pronome pessoal os toma a antiga forma los, devido ao facto de a forma verbal terminar em s ou r, que se suprimem, por assimilação com l.
É facto que na ênclise as palavras oxítonas terminadas em i não se acentuam (ex.: parti-los); no entanto, em substituí-los pretende-se um hiato entre o u e o i para que não se leia ¦túi¦ (como em substitui-los); daí o acento.
Reparar que a palavra substituir, visto não ter acentos gráficos, é oxítona, segundo as regras, devido à terminação r. E que esta consoante, formando sílaba com i em substituir, determina o hiato entre o u e o i, dispensando o acento no i do ditongo.
Ao seu dispor,