Sendo a palavra secundário referente a um assunto em segundo lugar ou segunda posição numa lista, o que motivou a usar c em vez g (ex.: secundário, e não "segundário"). A pergunta coloca-se ao contrário, agora para a palavra segundo, que também tem origem no latim secundus.
A presença de g em segundo e de c em secundário, apesar de ambas as palavras estarem historicamente (etimologicamente) relacionadas com o latim secundus, deve-se ao facto de elas terem surgido em português por processos de transmissão diferentes: segundo terá sido transmitida por via popular (as palavras latinas que tinham [k] intervocálico viram-no passar a [g]: AQUA ([ˈakwa] > água); secundário apareceu por via erudita, proveniente do latim clássico, sem sofrer grandes alterações fonéticas.
