São os critérios pessoais de quem escreve (ou os de quem vai publicar o que se escreveu) que definem se é preferível redigir São por extenso ou se vale a pena abreviar uma palavrinha tão curta. Qualquer das formas é válida, desde que não haja problemas (como parece não haver), por parte dos leitores do texto, em interpretar S. como abreviatura de São.