Segundo O "Acordo Ortográfico" de 1990, não ratificado:

«As letras k, w e y usam-se nos seguintes casos especiais:

Em topónimos/topônimos originários de outras línguas e seus derivados:

Kwanza; Kuwait, kuwaitiano; Malawi, malawiano;».

(Na Internet, em páginas escritas em português, “Kioto” aparece 92 vezes)

Porém, o mesmo aconselha:

«Recomenda-se que os topónimos de línguas estrangeiras se substituam, tanto quanto possível, por formas vernáculas, quando estas sejam antigas e ainda vivas em português ou quando entrem, ou possam entrar, no uso corrente.

Exemplo: Anvers, substituído por Antuérpia; Cherbourg, por Cherburgo; Garonne, por Garona; Genève, por Genebra; Justland, por Jutlândia; Milano, por Milão; München, por Munique; Torino, por Turim; Zürich, por Zurique, etc.».

(Na Internet, em páginas escritas em português, "Quioto" aparece 3 600 vezes)

Como se pode verificar, há uma tendência clara para o aportuguesamento do nome.

São pouco vulgares na nossa língua palavras começadas por "K" (letra tomada de empréstimo do alfabeto grego).