Há várias hipóteses possíveis.
a) «Eu almoço sempre tarde, quer dizer, às vezes nem sequer almoço.»
Neste caso, subentendemos o pronome isto como sujeito do verbo querer. Eis as frases subjacentes. «Eu almoço sempre tarde. (Isto) quer dizer: nem sempre almoço.»
b) «Eu almoço sempre tarde, quer-se dizer, às vezes nem sequer almoço.»
Neste caso, estamos perante uma frase de sujeito indeterminado visto que a partícula se indetermina o sujeito.
c) «Eu almoço sempre tarde, quero dizer, às vezes nem sequer almoço.»
Aqui, é o próprio enunciador que se assume como sujeito do verbo querer.