Em nome do Ciberdúvidas, agradeço as suas palavras iniciais.
A construção que apresenta (os gramáticos chamam-lhe «construção de clivagem») é uma forma de dar relevo ao foco da informação:
1) «Foi ele que decidiu fazer a viagem.»
2) «Foi por pensar numa viagem que ele a decidiu fazer/decidiu fazê-la.»
Nestes exemplos não se usa vírgula, nem mesmo no segundo, onde a construção «foi... que...» destaca uma oração de infinitivo («por pensar numa viagem»).
Seguindo os mesmo exemplos, não se usa vírgula na frase que nos apresenta:
«E foi pensando/a pensar nessa viagem que a decidiu fazer/decidiu fazê-la.»
