Um pequeno truque que ajuda a não ter dúvidas nestas situações é ter presente que, normalmente, uma frase se inicia com letra grande e termina com ponto final. Exemplo: Todos os alunos são inteligentes.
Se a frase do exemplo acima fosse uma citação, só teríamos de a colocar toda entre aspas, incluindo o ponto final: «Todos os alunos são inteligentes.»
No caso de a citação aparecer inserida numa outra frase, usa-se apenas o ponto final que faz par com a maiúscula que a iniciou. Exemplo: Segundo o professor, «todos os alunos são inteligentes». Isto era o que deveria ter feito no primeiro dos exemplos que nos apresentou.
No segundo, o ponto de interrogação está a mais, não se usa dessa forma em discurso directo. Aí, tinha duas opções:
1) Nair Barreto perguntou se «vivemos num mundo de ignorância».
2) Nair Barreto perguntou: «Vivemos num mundo de ignorância?»
No terceiro exemplo, as reticências são dispensáveis [e não se percebe o critério que levou a que as primeiras surgissem entre parênteses rectos e as segundas não], mas, querendo mantê-las, está bem colocado o ponto final.