Os verbos intransitivos têm significação definida, não pedem complementos essenciais à oração (directo, indirecto, nome predicativo). No exemplo que dei, o que se segue ao verbo permanecer é um termo acessório da oração: um complemento circunstancial de lugar (aquilo a que chama sintagma preposicional).
Claro que também pode dizer «Francisco está em casa», frase em que o verbo estar tem um valor diferente do que terá em «Francisco está triste». Na segunda frase, estar é um verbo de ligação, isto é, estabelece a união entre o sujeito e o seu predicativo.
