Eis a nossa opinião:
Antigamente não havia cheques. Havia apenas dinheiro e espécies, geralmente alimentícias. Por isso, dizia-se «pagamento em dinheiro e em espécies». Depois apareceram os cheques, e deixou-se de pagar em géneros alimentícios - é raro que tal aconteça. Sendo assim, o cheque passou a ter a posição das antigas espécies. Por isso, temos agora o pagamento em cheque e em espécie(s), isto é, em dinheiro. Ora, o dinheiro tomou o lugar das espécies; mas como se emprega no singular, as pessoas, por analogia com o plural espécies (=géneros), são levadas a dizer também espécies, no plural, embora referindo-se a dinheiro, no singular. O uso, seguindo o pensar e o sentir dos falantes, futuramente fixará uma das formas: espécie ou espécies. Esperemos por ela.