Na Nova Gramática do Português Contemporâneo, Celso Cunha e Lindley Cintra remetem para o plural de ónix, que é ónix (o ónix, os ónix). Não é muito vulgar a forma “ónice”, que faria o plural em “ónices”.
Cálice, tratando-se já de uma adaptação de “cálix”, forma o plural regularmente, acrescentando um -s à forma singular: cálices.