Estamos perante uma situação de técnica editorial mais do que perante uma questão linguística.
Em princípio, julgo que não deverá ser feita qualquer alteração ao texto sem autorização ou debate com o autor.
Parece-me que o editor apenas se deve preocupar com a ortografia e com os problemas gráficos. A compreensão do texto pertence aos leitores.
Sob o ponto de vista literário, não há inconveniente nenhum que sejam possíveis várias leituras, visto que é nesse facto que reside um dos encantos da literatura.
Nas gramáticas portuguesas actuais, não se classificam as orações como principais ou subordinadas. A classificação será: coordenadas ou subordinadas.
Analisando o texto, vemos que há três orações: «Ele comeu o Fruto do Diabo», «virou um incrível homem-borracha» e «jamais conseguirá nadar».
A conjunção “e” estabelece a coordenação entre a primeira e as restantes orações, colocando-as portanto ao mesmo nível. O texto contém uma ambiguidade na relação entre as outras orações. Cabe ao leitor decidir se a segunda é subordinada da terceira ou se as orações são coordenadas disjuntivas. Como é evidente, o homem-borracha que jamais conseguirá nadar é um paradoxo.
Como o texto é ficcional, o autor conseguiu transmitir uma imagem incrível ou problemática. Caberá ao leitor escolher.
Estamos nitidamente perante uma questão de estilo. A oposição entre ser homem-borracha e jamais nadar não é dada por uma ou mais conjunções mas pelas locuções “por um lado” e “por outro”.