Ainda que a palavra di-hidratado não se encontre atestada nos dicionários que consultei, considero que deve ser grafada com hífen, tendo em conta a seguinte regra do Acordo Ortográfico:

«Usa-se hífen nas palavras derivadas cujo prefixo ou radical de composição se associam a uma palavra iniciada por h: anti-histamínico, super-homem, co-herdeiro. (À exceção das palavras derivadas pelos prefixos re-, des- e in-, que se mantêm aglutinadas (desumano, inábil, reabilitar).»

Em conformidade com esta regra, o Vocabulário Ortográfico da Língua Portuguesa da Academia Brasileira de Letras, o Vocabulário Ortográfico da Língua Portuguesa da Porto Editora e no Vocabulário Ortográfico do Português do ILTEC, apresentam o elemento di- seguido de hífen, em associação com palavra começada por h, p.ex., di-híbrido.