Não conheço uma regra taxativa para a colocação, no texto, da referência a uma nota de rodapé.
As regras que uso para as referências são as seguintes:
a) No caso de a nota se referir só a uma palavra, coloco a referência a seguir à palavra, antes de qualquer sinal de pontuação que lhe seja estranho.
Exemplo: Disse-lhe «olá!1».
b) Se a nota de rodapé se refere a uma frase, escrevo-a depois do sinal de fecho dessa frase. Exemplo: Disse-lhe: «olá!».2
c) Quando, no decurso dum parágrafo (mesmo relacionado com períodos anteriores), há uma ideia que ocorre nesse período, é depois do seu fecho e antes do início do seguinte que ponho a referência à nota de rodapé.3 Mas se a nota se refere a todo o parágrafo, é depois do sinal de fecho do último período que ponho a nota.4
Exemplos de notas de rodapé, para as referências acima:
1 Olá! é uma interjeição.
2 As aspas, numa frase em discurso directo, podem ser substituídas pelo travessão: «Disse-lhe: — Olá!»
3 As notas de rodapé podem colocar-se no fim da página ou no fim de todo o texto; podem ser numeradas independentemente página a página ou em numeração contínua; são normalmente escritas com menor dimensão de letra que a do texto. O processador informático de texto permite a escolha.
4 O parecer acima indicado não pretende fazer lei na língua. Esta última nota abrange todo o texto desta resposta.
