As duas opções são válidas, mas refletem condicionamentos e objetivos diferentes:
1) a ordenação por ordem hierárquica marca também a subordinação dos elementos (dito de um modo coloquial, indica «quem manda em quem»); esta ordenação deverá ser usada em contextos formais para marcar reverência ou seguir códigos estipulados de interação, em particular em contextos institucionais (a comunicação no circuito diplomático, por exemplo, é fortemente condicionada pela hierarquia dos intervenientes e segue regras de formulação bastante rígidas);
2) a ordenação alfabética faz apenas uma classificação com base num critério estritamente linguístico; utilizando a terminologia da Linguística Sistémico-Funcional, que poderá servir para melhor explicar este caso, a ordenação alfabética pretende ter apenas uma dimensão léxico-gramatical, ignorando o contexto de situação e o contexto cultural, o que se traduziria numa imparcialidade face aos intervenientes enunciados1; esta ordenação é usada quando se pretende realçar a importância de todos os intervenientes, atribuindo-lhes igual valor (social, profissional, etc.) e evitando "ferir susceptibilidades".
A opção dependerá do contexto e dos seus objetivos. Pelo que se percebe do exemplo dado pela consulente, em causa estão departamentos do mesmo nível hierárquico, pelo que a ordenação alfabética será adequada. Caso contrário, poderá optar pela conjunção dos dois tipos de ordenação: por hierarquia e, dentro de cada grupo, uma ordenação alfabética.
1 Este posicionamento do falante não deixa de ser, ele próprio, determinado pelos contextos: alguém opta por ignorar o contexto em função de um posicionamento cultural.
