Ainda bem que lhe soa mal! É sinal de que «sente» a língua e rejeita instintivamente o que lhe é estranho.

Esse «que» também já me feriu os ouvidos muitas vezes. Penso que resultará do cruzamento de duas construções em que se emprega o advérbio de modo: «naturalmente ele não pensa como eu» e «é natural que ele não pense como eu».