Antes de analisar sintacticamente a frase que apresenta, vamos considerar a sua construção.

"Custa-me entender." é uma frase incompleta. Ela só pode compreender-se num determinado contexto linguístico ou situacional, que não foi fornecido. Para a analisar, vou completá-la de duas formas (ambas permitindo reflectir sobre a dúvida que apresenta):

1. "Custa-me entender este texto."
2. "Este texto custa-me a entender."

1. Na primeira frase, temos o verbo "entender" utilizado como transitivo directo, sendo "este texto" o seu complemento directo e constituindo-se como sujeito de "custa-me", como se se dissesse: "Entender este texto custa-me."

Neste caso "entender este texto" é o sujeito, "custa" o predicado e "me" o complemento indirecto.

2. Na segunda frase, o sujeito é "este texto", o predicado é "custa a entender" (locução verbal) e o "me" continua a ser o complemento indirecto.

Uma observação final: o "me" nunca poderia ser sujeito de "custa", em primeiro lugar porque é um pronome forma de complemento e em segundo lugar porque o verbo custar está na 3.ª pessoa do singular e não na primeira.