1. Como pode ver no Vocabulário da Língua Portuguesa de Rebelo Gonçalves, o verbo limpar tem dois particípios passados, limpado e limpo.
A tendência é para se usar mais o segundo, o qual contudo não se pode empregar com os auxiliares estar e ser. Portanto está limpo, foi limpo, tem limpado (melhor que limpo).

2. Isento é só adjectivo e substantivo. Logo «as empresas são isentadas (part. pas.), pelo que ficam isentas (adj.)» ou, sem verbo nenhum, «as empresas isentas (disto ou daquilo)».