Lamentamos muito, caro consulente, mas a sua professora tem toda a razão. E ela explicar-lhe-á que a frase obriga ao ponto de interrogação por ser uma interrogativa directa. É uma transcrição em discurso directo (no caso, em forma de diálogo) que terá de levar sempre o sinal da pontuação respectivo, mesmo que se optasse pela outra forma também possível: "Ele perguntou:«Então, que boa fortuna o traz por aqui, senhor Pertunhas?»"

Só não levaria o ponto de interrogação se a frase fosse assim escrita, em discurso indirecto: "Ele perguntou (ou quis saber) «que boa fortuna» trouxera (ou trazia) ali «o senhor Pertunhas»."

O exemplo de José Saramago não serve, porque ele, propositadamente, por uma opção de estilo e não por ignorância, nem sempre segue, nos romances que escreve, a pontuação estabelecida.

P.S. - Já agora, dê uma volta pelas Respostas Anteriores, nas questões à volta das vírgulas e da pontuação. E pedimos licença para corrigir outro erro. Não escreva (nem diga) "executei a pontuação". O verbo executar não fica bem aqui. Diga (e escreva): «pontuei». Ou: «fiz a pontuação».