A expressão é, realmente, "in medias res". Tem razão quando diz que, neste caso específico, a preposição "in" está a reger acusativo. Mais precisamente o acusativo do plural. O seu problema é pensar em "medium" como substantivo, esquecendo que também existe o adjectivo "medius, -a, -um". É este que se encontra nesta expressão a qualificar o substantivo "res". Sendo "res" um substantivo feminino, a forma do adjectivo é, obviamente, a feminina ("media" no singular). Suponho que agora já não lhe causará estranheza a expressão "in medias res", pois não?