Geralmente, o pretérito mais-que-perfeito do indicativo refere uma acção (ou acontecimento) passada anterior a outra também passada. Exs.:

1. Quando ontem chegaste a casa, eu já tinha jantado.
2. Já o Sol se apagara, e ainda ela olhava o horizonte vermelho, meditando tristemente.

Em ambas as frases, o mais-que-perfeito simples (em 2) ou composto (em 1) indica uma acção anterior da expressa pelo outro verbo. É isto o que vemos na frase da consulta. O acontecimento de «ter havido necessidade» é anterior ao acontecimento de «se ter publicado». Como ambos os acontecimentos são passados, a forma verbal que devemos empregar é houvera (=tinha havido), visto que este acontecimento passado é anterior ao outro acontecimento também passado, expresso por publicou-se.