O Dicionário da Porto Editora regista halogéneo, termo da química, adjectivo [«diz-se de qualquer elemento do grupo VII-A da classificação periódica (flúor, cloro, bromo, iodo e ástato)»] e substantivo masculino [«qualquer elemento da família do cloro (flúor, bromo, iodo e ástato)»]. Halogéneo vem «do grego ‘háls, halós’, “sal” + ‘génos’, “formação”». Este dicionário também regista halógeno, mas remete-nos para halogéneo.
Já o Dicionário Eletrônico Houaiss regista halogêneo, grafia de halogéneo em português do Brasil, mas diz-nos que é o «mesmo que halógeno», remetendo-nos para este vocábulo, o que significa que é o mais utilizado pelos brasileiros.
Agora, respondendo directamente à sua pergunta, feita de Portugal, a grafia preferível é halogéneo, enquanto no Brasil será halógeno.