O sentido não alteraria, mas a frase ficaria estranha. Repare que a frase em apreço não está na ordem canónica, que é:

(1) «Ela não devolvia todas as bolas que invadiam seu quintal.»

Ora, nestas circunstâncias, no português, o objecto directo (que é o elemento deslocado) é repetido por pronome na sua posição canónica. Como essa repetição acontece por meio de pronome, ele ocupa o lugar que lhe é característico. No caso do português do Brasil seria sempre, ou pelo menos preferencialmente, antes do verbo (em próclise); se fosse em Portugal, e se a frase não fosse negativa, ficaria depois do verbo (em ênclise), como (2):

(2) «Todas as bolas que invadiam seu quintal, ela devolvia-as.»

Talvez seja muito violento dizer que se trata de um erro não repetir o elemento deslocado. Mas é, sem dúvida, um desvio a evitar em linguagem formal, a menos que haja um claro objectivo estilístico subjacente a essa omissão.