Sem hífen (e sem o acento circunflexo em flor).
Ao contrário de outros compostos similares – flor-de-casamento, flor-de-cera, flor-do-diabo, flor-de-lis, flor-de-mel, flor-do-paraíso, flor-de-santo antónio, flor-de-veado, flor-de-viúva, etc., etc. –, que são plantas, a flor de lótus é, literalmente, a flor da planta lótus (ou loto).
Veja com atenção o Dicionário da Academia das Ciências de Lisboa. Na abonação de lótus, regista-se o que pretende saber, com a seguinte frase de António Alçada Baptista ("Os Nós e os Laços", pág. 270): «Estou-me também a tratar com chá de tília, chá de jasmim e chá de flor de lótus.»