A sua pergunta é muito interessante e mostra a riqueza da utilização da Língua Portuguesa.

As duas expressões podem permutar (por sinonímia absoluta) em determinados contextos, quando se utilizam como locuções adverbiais, pretendendo-se que signifiquem verdadeiramente, efectivamente, com efeito, certamente, decerto, seguramente, realmente, etc.

No entanto, noutros contextos, a expressão "em verdade" pode assumir (como o caso que apresenta) o significado de "em nome da verdade", perdendo a característica estereotipada de locução adverbial, e reassumindo o substantivo "verdade" o seu valor nominal de designação de um conceito. A expressão "na verdade", essa, é utilizada como locução adverbial, com os significados acima referidos.