Se essa expressão não tivesse o adjectivo — «altos» —, decerto que a dúvida não teria surgido. Porque se diz, naturalmente, «falar aos berros/aos gritos» e nem sequer se coloca a hipótese da construção «falar em berros». Esta construção — «falar em» — é usada, habitualmente, para se indicar a língua utilizada («falar em inglês/espanhol/francês») ou para se referir ao assunto/tema à roda do qual gira o discurso («falar em ti»).
Mas, ao colocar-se o adjectivo alto — que enfatiza/reforça o som do «berro» —, instala-se o campo do tom, que designa «a altura de sons emitidos pela voz humana; variação da altura, intensidade, duração». Ora, associada ao tom, usa-se a preposição em, como se pode verificar nos seguintes enunciados: «falar em tom baixo»; «dizer em tom irónico»; «cantar em todos os tons».
No exemplo apresentado não está expressa a palavra tom, mas a ideia está implícita. Por isso se diz «falar em altos berros», «dizer em voz alta», «contar em surdina/voz baixa».