É certo e decerto não se equivalem em absoluto.

Vejamos o exemplo que apresenta.

«É certo que o espírito tenderá a voltar-se para...», frase que vem na sequência de outra(s) com ela relacionada(s), tem um certo sentido adversativo: poderíamos dizer, em vez de é certo, «Todavia, o espírito tenderá a voltar-se para...». Ou então concessivo: «Embora o espírito tenda a voltar-se para...».

Já decerto, como certamente ou com certeza, imprime à frase um tom dubitativo, de possibilidade, que o próprio uso do futuro vem reforçar: «Decerto (sem o 'que') o espírito tenderá a voltar-se para...» significa que o espírito, possivelmente ou provavelmente, se voltará para...etc.