Na primeira frase, «desde a antiguidade a região é ocupada por seres humanos», é usado o verbo no presente de forma correcta.
Trata-se de uma situação que se prolonga no tempo ou que se repete, pelo que é de esperar que se use o presente.
A segunda frase, «desde a antiguidade a região tem sido ocupada por seres humanos», é também possível, uma vez que o pretérito perfeito composto, «tem sido», expressa continuidade ou duração. No entanto, convém referir que este tempo é utilizado sobretudo para referir eventos de um passado recente que se prolongam ou se repetem até ao presente. É um tempo verbal normalmente mais utilizado com expressões de tempo como «ultimamente», «recentemente», «nos últimos anos/meses/dias», etc.