O emprego do pronome demonstrativo o está correcto. O que está errado é o emprego da preposição com. O verbo discordar repudia a preposição com:
É erro dizermos: Discordo com o João. O correcto é: Discordo do João.
Com o verbo concordar é que se emprega a preposição com:
Concordo com o João.
A frase da consulta fica correcta assim:
... «as grandes questões nacionais», de que (ou: das quais) discordavam líderes pefelistas.