No caso específico, ambas as expressões («arquivos de arquitectura» e «arquivos sobre arquitectura») são mais ou menos equivalentes.

Vejam-se estes exemplos com expressões similares retiradas do dicionário da Academia (os primeiros dois) e do dicionário Aurélio: «O arquivo dos processos pendentes é um móvel metálico que está ao fundo da sala.», «Já existe um arquivo fotográfico bastante bom sobre as actividades económicas da região.», «Seu arquivo sobre a literatura dos anos 80 o auxiliou muito na preparação da tese.».

A palavra arquivo tem vários significados, podendo designar um local onde se guardam certos documentos, os próprios documentos, o conjunto desses documentos ou um móvel, entre outras acepções. Julgo que com este último significado tem mesmo de se utilizar a preposição «de» e não «sobre» – cf. a estranheza da frase que resulta da substituição de «de» por «sobre» no primeiro exemplo apresentado acima.

Quando arquivo denota um local, a combinação com a preposição de também parece preferível: «O Arquivo Nacional da Torre do Tombo é um arquivo de muitos documentos» versus a estranheza de «O Arquivo Nacional da Torre do Tombo é um arquivo sobre muitas áreas».

Nos outros casos, penso que é mais ou menos indiferente o uso de uma ou outra preposição. Por exemplo, se substituirmos «sobre» por «de» no segundo exemplo, o resultado é natural. 

Mesmo nas acepções locativas, em que «sobre» parece menos natural, não parece haver uma diferença importante, até mesmo quanto ao significado.